（1）提高化肥的肥效。如过磷酸钙等施入土壤后易被土壤固定而失效，与生物有机肥混合后施用，减少了化肥与土壤的接触面，减少养分的固定，同时化肥也可以被生物有机肥吸收保蓄，减少养分流失。
（2）减少化肥施用后可能产生的某些副作用。单独施用较大量化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如长期施用生理酸性肥料，会使土壤变酸，产生过多的活性铁、活性铝等有毒物质，如过多游离酸的过磷酸钙，作种肥时会影响种子发芽和幼苗生长，若与生物有机肥混合后施用，则不会发生此类问题。
（3）、增加作物养分。化肥只能为作物提供一种或几种养分，长期施用，作物会产生缺素症。生物有机肥所含养分全面，肥效稳而长，含有大量的有益微生物和有机质，能够改善土壤理化性质和微生物区系，增强土壤中酶的活性，有利于养分转化。
（4）生物有机肥在粮食作物上一般采用拌种或基肥混施两种方法与化肥配合施用。拌种是将生物有机肥4公斤与亩用种子混拌均匀，而化肥采取深耕时作基肥施入。基肥混施是将25公斤生物有机肥与亩用化肥混合均匀后，在播种深耕时一次施入土壤，施肥深度在土表15厘米左右。
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